Mendel innove par sa démarche expérimentale. Contrairement à ses prédécesseurs qui utilisent la démarche inductive*, il ne choisit pas ses plantes au hasard. Elles répondent à des critères précis définis en fonction des expériences qu'il veut réaliser.

Mendel veut retrouver l'origine des phénomènes de disparition et de réapparition de caractères d'une génération d'hybride à une autre ( voir resultats contemporains de Goss )
Les expériences sont établies à l'avance de manière à lui permettre de tester une théorie en rapport avec ce problème.

Ses plantes d'expériences doivent répondre à des critères précis :
- stabilité des caractères,
- existence de caractères distincts,
- protection contre le pollen étranger,
- absence d'altération de la fertilité pour les générations d'hybrides successives.

Mendel observe que le pois répond à ces différents critères.

Pendant deux ans, il cherche, parmi 34 variétés de pois achetées, celles qui donnent systématiquement des descendants identiques à la variété parentale ; 22 sont retenues.